本部电影讲述沉香经历华山之战，结果挚爱殒命也未救出父母，陷入消沉的沉香，在好友的帮助下终重拾信心，踏上寻找开天神斧的路途，然当初华山之战沉香无意破坏了伏魔大阵，误放走了先天心魔，一场三界的劫难即将降临。

沉香自小被软禁浮仙岛中，由莲藕人陪伴长大，直到灵犀出现，方知事情真相，毅然选择追随灵犀离开，前路坎坷，天庭阻拦，在孙悟空和猪八戒的帮助下，最终集齐念力，召唤宝莲灯，战胜天庭，救得父母，但这所有的一切都只是刚刚开始！

书生刘彦昌进京赶考，途经九华山，看到圣母祠中三圣母的塑像，倾诉了对圣母的爱慕，并在圣母的纱巾上题诗一首，抒发了自己的感情，然后倚柱而睡。三圣母对修炼生活本已厌倦，又被刘彦昌的诗所感动，对刘产生感情。但神权天威的压力又使她产生矛盾。后来，经过刘彦昌的请求和鼓舞，她终于冲破压力，把自己的爱情献给了这个书生。三圣母的哥哥二郎神得到哮天犬的报告，赶到圣母祠，要杀刘彦昌。三圣母高举起法宝宝莲灯，打败二郎神，救出刘彦昌，然后和他一同来到了人间。一年后，他们生了一个儿子，取名沉香。

三圣母爱上了人间书生刘彦昌，触犯了“天规”，被二郎神压在华山底下。三圣母的儿子沉香在天宫从土地爷爷口中知道了自己的身世，立即带着母亲的宝莲灯逃回人间，在孙悟空的指引下，他以坚强的毅力和勇气经历了种种磨难和考验，终于达到了“灯人合一”的境界从而战胜了二郎神，劈开华山，救出了自己的母亲。