抗日战争时期，年轻的女考古学家方志珍与父亲方教授同在大学任教，志珍怀着强烈的爱国心决心把失落民间的神医华佗的医著寻找回来。志珍和日本考古学家川多磨在一座古塔中发现两颗明珠，却被也来寻书的德国人干戈一伙抢走，不久，川多磨奉命回国前夕，突然被指令留下寻找华佗医书，并有浪人西协美知子和高城丈二相助。干戈利诱大学教授携手寻书，志珍被他的无耻行径激怒，为尽快找到医书，她们来到漆黑的秘宫，在一颗明珠上找到了线索。她们立即赶到陈教授家，在一幅于禁跪送华佗的画里找到了“开启天门之匙”的字样。干戈随后而至，字迹已被志珍抹去

华佗（林文龙）自幼聪慧过人、醉心医学，因缘际遇下，拜名医张仲景为师。一次，关云长（尹扬明）带同乡求医，佗发现此人的病症有异，不是普通伤寒，故将《伤寒论》和《滋阴论》结合，成功研究出治疗瘟疫之法。惜百姓

建安五年(公元200年)，曹操与袁绍准备决战于官渡时，突然头痛发作，神医华陀仅为曹操扎了一针便治好了他的病。曹操想将华陀留于军中为自己治病，华陀却想用医术造福于天下疾苦百姓，并研制出麻药，退辞离开

全剧情节超群脱俗，打斗场面及大胆的虚幻夸张巧妙合理。既有很强的历史责任感，又打破了“戏说”的俗套，既有华美的爱情乐章，更有爱国、卫国，增强民族团结的悲情颂歌。　 东汉末年，汉桓帝无能，大权旁落，局势动荡，饥荒瘟疫遍及城乡。樵郡神医华佗行侠仗义，四处行医，解民疾苦，曾为一山大王所养的宠物猛虎拔去病牙，为阴阳人沈云成功地做了变性手术，一时传为佳话。这时皇太后宿疾复发，无药可救，汉桓帝无奈张榜遍寻华佗无着，情急之中公主柔柔私自微服出宫寻觅。从此，美丽的柔柔公主由寻医、求医而至深爱华佗，直至愿舍荣华富贵追随

隋唐时期，小男孩麦冬出生于亳州谯县（今谯城区，唐朝开始便有亳州之名），家中开了一个药铺。因全城突发瘟疫，麦冬向华佗神像祈祷，求得能治瘟疫的灵药，机缘巧合之下却结识了既是花神也是药灵的芍药仙子，并误食华佗祖师的神农仙方。为了弥补过错，麦冬和芍药仙子受命重制神农仙方，不过，这药方却寻之不易，因为方上一共18味中药，却不能拿寻常药材来做，必须寻访各味中药的生长地，找出药灵，说服它们自愿献出药气，才能有效。于是，麦冬和芍药背起行囊，翻山越岭，凭着自己家传医道，四处搜集药灵。