该部作品以文明遭到毁灭的石之世界为背景，讲述了拥有超人般头脑、天生的科学少年，千空决意用科学的力量复原世界的文明，将世界恢复原状，与伙伴一同创造文明的奇幻冒险故事。

为探究石化之谜，千空准备启程至石化发生源南美洲，他们促进了当地农耕和畜牧技术，并建造了帆船。千空率领成员出航前往百夜等人曾经居住的岛屿，与岛上的统治者荆棘及其部下交战，并夺得石化装置、取得胜利。位于石神村的琉璃用无线电向千空询问进展，但通讯却遭到拦劫，拦截者以千空的声音发出了足以将整个地球石化的石化装置启动指令……

特别篇主要讲述了千空航海前与龙水打交道的故事。为了换取龙水的航海技术，千空他们要在这个史前社会挖石油……